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主要为害地上部,苗期、成株均可发病,花期受害重,产生苗枯、叶腐、茎腐、荚腐等症。苗期染病茎基部褐变,呈水渍状,湿度大时长出棉絮状白色菌丝,后病部干缩呈黄褐色枯死,表皮撕裂状。叶片染病始于植株下部,初叶面生暗绿色水浸状斑,后扩展为圆形至不规则形,病斑中心灰褐色,四周暗褐色,外有黄色晕圈。
该病主要出现于大豆的苗期、花期及花荚期,主要危害大豆叶片、豆荚及茎杆。大豆苗期感病,植株茎部会出现水渍状或者棉絮状的菌丝;大豆花期感染菌核病会出现植株枯萎、茎叶腐烂现象,后期大豆全株会干枯萎缩而死,主要造成茎秆腐烂,病变部位苍白色,茎杆内中空并有黑色菌核,易折断,结荚少或不结荚。