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该病主要为害肉质根,被害部分初呈水浸状病斑,大小、形状不规则,无明显边缘,后在水浸状肉质根上,长出白色絮状菌丝,病根组织腐烂;发病后期在菌丝上长出初呈白灰色,后变为黑色的鼠粪状菌核。
胡萝卜菌核病在田间和贮藏期均可发生,主要为害肉质根,在田间发病,植株地上部根茎处腐烂,地下肉质根软化,组织腐朽呈纤维状,中空,病部外生白色棉絮状菌丝和黑色鼠粪状菌核。