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金针菇基腐病的病原是瓶梗青霉,属半知菌亚门、丝孢纲、丛梗抱目、丛梗抱科,该病原如在马铃薯蔗糖培养基上,菌丝白色、粉状。培养基呈深红褐色,菌落呈粉红色。抱子梗从气生菌丝上长出,呈对称分叉。与青霉素的分枝相似,但小枝梗顶端着生的分生孢子可形成长链,链长达400~600微米,分生孢子椭圆形、单细胞、无色。
病原菌属半知菌亚门的瓶梗青霉菌,在马铃薯蔗糖琼脂培养基上生长时,菌丝灰白色,纤细,生长速度快。分生孢子形成后,菌落成灰白色粉状,菌落下部的培养基变成深红色或紫红色,后整个菌落呈粉红色。显微镜下,分生孢子梗在菌丝上长出,呈指状生长,顶端形成长链状的分生孢子链,待分生孢子成熟后,从链顶端往下脱落。