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病菌以卵孢子在土壤中越冬和渡过不良环境,第二年春天遇合适条件即可萌发产生孢子囊,并释放出游动孢子或直接生产芽管侵入寄主,或以菌丝体在病残组织中或腐殖质上过腐生生活,次春产生孢子囊游动孢子侵染幼苗,造成幼苗发病猝倒。病菌借雨水和灌溉水进行传播,施用带菌肥料、移栽等农事活动也能传播病菌。
辣椒倒伏是土壤含水量较大,空气潮湿或过于密集等有利于病菌生长,造成倒伏。