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芹菜菌核病是一种由真菌引起的低温、潮湿性病害。病菌随病残体在土内越冬、越夏。条件适宜时病菌从植株衰老的组织侵入,并借助气流、病株和健株的接触,以及农事操作中的传带等进行田间的再侵染。芹菜菌核病的发生对温度条件要求不高,当田间温度在20℃左右时,只要相对湿度高于85%以上时,就很容易引起病害的发生和蔓延。因而,连作地、种植过密、氮肥施用过多、灌溉过量、雨水多又排水不畅、田间湿度大的田块,菌核病发病重。
以菌核在土壤中或混在种子中越冬,成为翌年初侵染源,子囊孢子借风雨传播,侵染老叶,田间再侵染多通过菌丝进行,菌丝的侵染和蔓延有两个途径:一是脱落的带病菌组织与叶片、茎接触菌丝蔓延;二是病叶与健叶、茎秆直接接触,病叶上的菌丝直接蔓延使其发病。