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小麦条锈病发病部位主要是叶片,叶鞘、茎秆和穗部也可发病。初期在病部出现褪绿斑点,以后形成鲜黄色的粉疱,即夏孢子堆。夏孢子堆较小,长椭圆形,与叶脉平行排列成条状。后期长出黑色、狭长形、埋伏于表皮下的条状疱斑,即冬孢子堆。
小麦叶锈病发病初期出现褪绿斑,以后出现红褐色粉疱(夏孢子堆)。夏孢子堆较小,橙褐色,在叶片上不规则散生。后期在叶背面和茎秆上长出黑色阔椭圆形至长椭圆形、埋于表皮下的冬孢子堆,其有依麦秆纵向排列的趋向。
小麦秆锈病为害部位以茎秆和叶鞘为主,也为害叶片和穗部。夏孢子堆较大,长椭圆形至狭长形,红褐色,不规则散生,常全成大斑,孢子椎周围表皮撒裂翻起,夏孢子可穿透叶片。后期病部长出黑色椭圆形至狭长形、散生、突破表皮、呈粉疱状的冬孢子堆。
三种锈病症状可根据其夏孢子堆和各孢子堆的形状、大小、颜色着生部位和排列来区分。群众形象的区分3种锈病说:“条锈成行,叶锈乱,秆锈成个大红斑。”