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病菌以菌丝和菌核在病残体或土壤中越冬。翌年条件适宜时,菌核萌发产生菌丝,直接穿透寄主表皮或气孔侵入致病,发病后病部产生的气生菌丝通过接触进行再侵染。病菌发育适温为28~32℃,菌核在27~30℃和有足够的水湿时1~2天就可萌发为菌丝,6~10天又可形成新的菌核。连续阴雨或天气湿闷有利发病。过分密植,施氮过多,植地连作或前作地为水稻纹枯病严重的田块本病往往发生严重。